Организация структуры папок для больших Python проектов с модулями критична для удобства разработки, поддержки и масштабируемости. Вот один из распространенных и рекомендуемых подходов:
  Основные принципы:
  
    - Явная структура: Легко понять, где что находится.
- Модульность: Разделение логики на независимые модули и пакеты.
- Переиспользуемость: Компоненты должны быть легко переиспользуемыми.
- Тестируемость: Удобство написания и запуска тестов.
Пример структуры:
  
  my_project/
  ├── README.md            # Описание проекта
  ├── pyproject.toml       # Файл конфигурации проекта (poetry, pipenv)
  ├── src/                 # Исходный код приложения
  │   ├── my_project/        # Главный пакет
  │   │   ├── __init__.py    # Инициализация пакета
  │   │   ├── main.py        # Основная точка входа
  │   │   ├── module_a/      # Подпакет/модуль A
  │   │   │   ├── __init__.py
  │   │   │   ├── module_a_functions.py
  │   │   │   └── ...
  │   │   ├── module_b/      # Подпакет/модуль B
  │   │   │   ├── __init__.py
  │   │   │   ├── module_b_classes.py
  │   │   │   └── ...
  │   │   ├── utils/         # Вспомогательные функции и классы
  │   │   │   ├── __init__.py
  │   │   │   ├── helpers.py
  │   │   │   └── ...
  │   │   ├── config.py      # Конфигурационные параметры
  │   │   └── ...
  ├── tests/               # Тесты
  │   ├── __init__.py    # Чтобы tests был распознан как пакет
  │   ├── conftest.py      # Фикстуры pytest
  │   ├── test_module_a.py # Тесты для module_a
  │   ├── test_module_b.py # Тесты для module_b
  │   └── ...
  ├── docs/                # Документация (Sphinx, MkDocs)
  │   ├── conf.py        # Конфигурация Sphinx
  │   ├── index.rst      # Главная страница документации
  │   └── ...
  ├── scripts/             # Скрипты для автоматизации (запуск, развертывание)
  │   ├── run.py
  │   ├── deploy.sh
  │   └── ...
  ├── requirements.txt     # Зависимости проекта (если не используете poetry/pipenv)
  ├── .gitignore           # Файл игнорирования для Git
  └── LICENSE              # Лицензия
  
  Пояснения:
  
    - `my_project/`: Корневая директория проекта.
- `src/`: Содержит весь исходный код приложения.  Использование директории `src` позволяет явно отделить код приложения от файлов конфигурации и других артефактов проекта, а также упрощает импорт модулей.
- `my_project/` (внутри `src/`): Главный пакет, содержащий основные модули и подпакеты.
- `__init__.py`:  Превращает директорию в Python пакет.  Может быть пустым или содержать код инициализации.
- `main.py`: Часто содержит точку входа для запуска приложения (например, с помощью `if __name__ == "__main__":`).
- `module_a/`, `module_b/`: Подпакеты, группирующие связанные модули. Разделение на подпакеты помогает организовать большой проект по функциональным областям.
- `utils/`: Содержит вспомогательные функции и классы, используемые в разных частях проекта.
- `config.py`: Хранит параметры конфигурации приложения (пути, ключи API и т.д.).
- `tests/`: Содержит тесты для проекта. Организация тестов повторяет структуру исходного кода для удобства поиска и поддержки.
- `docs/`: Документация проекта, сгенерированная с помощью Sphinx или MkDocs.
- `scripts/`: Содержит скрипты для автоматизации задач, таких как запуск, развертывание, миграция баз данных и т.д.
- `requirements.txt` или `pyproject.toml`:  Перечень зависимостей проекта. `pyproject.toml` используется с инструментами вроде `poetry` и `pipenv`, которые более современны и предоставляют больше возможностей для управления зависимостями.
- `.gitignore`: Указывает, какие файлы и директории не нужно отслеживать в Git.
Рекомендации:
  
    - Имена модулей и пакетов: Используйте осмысленные и описательные имена.
- Явные импорты:  Предпочитайте явные импорты (`from my_project.module_a import function_x`) неявным (`from my_project import *`). Это повышает читаемость и избегает конфликтов имен.
- Используйте виртуальное окружение:  Для изоляции зависимостей проекта (например, с помощью `venv`, `poetry`, `pipenv`).
- Инструменты для управления зависимостями: Используйте `poetry` или `pipenv` вместо `requirements.txt` для более надежного управления зависимостями.
- Линтеры и форматировщики кода:  Используйте `flake8`, `pylint`, `black` для поддержания единого стиля кодирования.
- Автоматизация:  Используйте инструменты автоматизации, такие как `tox` или `nox`, для запуска тестов и других задач.
Эта структура - лишь отправная точка. Адаптируйте ее под конкретные нужды вашего проекта.